南京國民政府是一架龐大的官僚機器，整個中央政府，包括國民政府、五院及五院所屬各部三個層級。

一、國民政府內部組織機構

1.國民政府主席。

國民政府主席既是政府首腦，又是國家元首，在訓政初期，擁有較大的權力。

2.國民政府委員會。

國民政府內部的直屬機構有秘書處、副官處和參事處。

二、五院及其所屬機構

行政院于1928年10月設立，是國民政府的最高行政機關。

立法院于1928年12月設立，是國民政府的最高立法機關。

司法院于1928年11月成立，是國民政府的最高司法機關。

考試院1930年1月成立，是國民政府的最高考試機關。

監察院1931年2月成立，是國民黨的最高監察機關。

三、五院以外國民政府直轄機關

軍事委員會是國民政府的最高軍事機關，由國民黨中央執行委員會政治委員會選任委員長1人、委員若干人組成。委員長由蔣介石長期擔任。

四、國民黨中政會與國民政府的關系

南京國民政府成立后，為加強國民黨對行政活動的控制，根據胡漢民提出的“繼續一黨的統治，而不使他人參加”的原則，采取了兩個重要的步驟:一是頒布《訓政綱領》，從法律上確立國民黨一黨專政的政治體制;二是提高國民黨中央政治會議(簡稱中政會)的地位。

中政會是國民黨一黨專政的工具，其中心任務是保證國民黨對國民政府的控制，進而實現對全國的專制統治;同時，它又是國民政府行使決策的發源機關，國民政府的一切施政方針均來源于此，在行政管理活動中處于舉足輕重的地位。