一、宰相制的廢除和內閣制的確立

明朝廢除宰相制，實行內閣制后，宰相制度的殘余依然存在，出現了許多雖無權相之名卻有權相之實的內閣首輔，但從制度上講，內閣制度和宰相制度有根本的不同。

(1)從職務設置上看，歷朝宰相皆定員定制，明朝大學士卻無定員定制。

(2)從地位上看，宰相是法定的最高行政長官，六部及其他職能機構是其法定的下屬機構，明朝內閣卻不是法定的最高行政機構，其首腦內閣首輔也不是法定最高行政長官，六部也不是其法定的直接下屬，有些閣臣品秩還低于六部尚書。

(3)從職權上看，歷朝宰相擁有法定職權，即決策參與權和行政執行中的指揮權，而明朝大學士包括首輔在內僅充任皇帝個人的顧問和助手，僅有決策參與權，而不具備行政執行中的指揮權。明朝以內閣制度取代宰相制度，反映了我國封建社會晚期專制皇權的高度發展。

二、司禮監

司禮監是宮中掌內外章奏及批紅大權的機構，設提督太監、掌印太監各一員，秉筆、隨堂太監若干員。司禮監太監常作為皇帝的代表到內閣議事，以監控外廷，其權力超過內閣和其他任何中央機構。司禮監雖非正式政府組織，但從它在明朝政治生活中所起的作用看，實際已成為中樞決策機構的一部分。在決策權力上，它與內閣平分秋色，甚至壓倒內閣。

三、六部

六部是明朝重要的職能機構，其地位和權力因中書省的廢除而較前代空前提高，六部直接聽命于皇帝，其間再無轉承機關，成為事實上的中央最高行政機構。

四、五軍都督府

在洪武十三年(1380年)改革中央行政機構的同時，也對軍事機構作了分散權力的改革。大都督府被一分為五，設左、右、中、前、后五軍都督府，分管所屬在外都司和在京衛所，每府設左、右都督掌管府事，下設都督同知、都督僉事等職。

五、諸寺宜

明朝諸寺權力較前代相比大大減弱，它們雖在名義上是獨立的中央機關，但實際多成為六部中相應部門的附屬機構，只有大理寺的權力較前代有所增強。

明朝大理寺和唐宋時期的大理寺不同，它是最高審判機關，長官為大理寺卿，下設左、右少卿等。