一、省三司分立與督撫的設置

洪武九年(1376年)，明太祖改地方權力集中的行中書省為三司分立:承宣布政使司(簡稱布政司)提刑按察使司(簡稱按察司)和都指揮使司(簡稱都司)。

二、道

道主要有兩種:一是布政司系統的分守道，二是按察司系統的分巡道。它們分別是布、按二司的派出機構，其職責偏重于監察。分守道由布政司參政、參議主管所轄道之民政，代表布政使掌管所屬府、縣行政事務，是省府間的行政區。分巡道即按察司副使、僉事分區巡察，是省內小監察區。

三、府、州、縣

明朝地方行政層級的變革要點有三:

(1)將元之宣慰司取消，重新按行政、司法、軍事等不同事項劃分不同的道區，設立不同的派出機關。

(2)將元之路的總管府、散府改為府，將某些大州升為府，因而府成為明朝中級地方行政區劃的主干。

(3)宋時府是一種特殊區域，州是中級行政區劃的主干，到明時州成為一種特殊區域，州領縣遠遠少于府領縣，且州之行政區域縮小。

四、鄉老人制和里甲制

明朝對鄉村的管理采取鄉老人制和里甲制并行的統治方法。

鄉里村民除納稅應役和嚴重違法犯罪外，和官府幾乎沒有任何聯系，在很大程度上處于一種“自治”狀態，明朝就是利用里甲制度和老人制度這兩個系統來實現這種自治的。

五、邊遠地區的行政體制

明朝在邊疆地區和內地少數民族地區實行一些特殊地方行政體制。

(1)洪武年間，明朝在西藏設立烏斯藏行都指揮使司和朵甘行都指揮使司。以后又在行都司下增設宣慰司、招討司、萬戶府和千戶府作為各級地方行政機構，委派藏族僧侶充任各級官職，通過他們實行對藏族人民的間接統治。

(2)在東北地區，明朝先后設遼東都指揮使與奴兒干都指揮使。都司長官及主要官員從內地選派，以下衛所長官則情況復雜，既有漢族人，也有東北各少數民族首領。

(3)在西北地區，明朝于永樂四年(1405年)設哈密衛，以當地少數民族首領充任衛指揮，統治今新疆等地。

(4)在西南少數民族地區，明朝實行土司制度，任命當地少數民族上層分子為土官進行間接統治，土官職位世襲。